自《假面骑士Amazons》第一季结束后的五年里，Amazon势力被基本清除，世界逐渐恢复了和平。然而，人类中仍不断出现因亚马逊细胞感染而变异的Amazon化个体，这促使政府成立了一个秘密组织4C，负责追踪并消灭这些Amazon化的普通民众。千翼，一个从小就被Amazon抚养长大的少年，在5年后再次成为假面骑士AmazonNeo，肩负起对抗Amazon化的重任。与此同时，优——一个被Amazon化的父亲杀害后，以Sigma型身份复活的少女——成为了乌鸦亚马逊，化身为生物兵器参与战斗。她与千翼之间产生了复杂的情感纠葛，尤其是千翼第一次没有在面对优时产生“想吃”的欲望，反而对她产生了莫名的好感。这不仅让两人的关系变得扑朔迷离，也为故事增添了更多情感张力和悬念。在这个过程中，千翼不仅要对抗强大的敌人，还要解开优身上的谜团，揭露背后的真相。而4C组织也在不断调查Amazon化事件的背后原因，试图揭开亚马逊复活的秘密。随着剧情的发展，两个主角的关系也逐渐变得更加复杂，充满了爱与牺牲、背叛与救赎的元素。
