在邪神加坦杰厄与迪迦奥特曼最终决战之后，人类世界迎来了两年的和平时光。然而，当入间队长与GUTS考古队在南太平洋的一处远古遗迹露露耶进行探索时，他们意外发现了三尊已湮灭的超古代石像——希特拉、达拉姆和女领袖卡美拉。尽管入间极力反对对这些遗迹进行深入挖掘，但高层却决定继续推进，最终导致邪神被唤醒，人类再度陷入危机之中。与此同时，圆·大古与柳濑·蕾娜的爱情也在历经风风雨雨后愈发坚固，他们即将步入婚礼的殿堂。然而，邪恶势力并未因此而偃旗息鼓，邪神指挥手下向地球发起了猛烈攻击。面对这突如其来的危机，早已失去奥特曼力量的大古显得无力回天。在这绝望时刻，大古被卷入了三千万年前那段毁灭人类文明的遥远记忆中，这段记忆如同一把双刃剑，在唤起他内心深处愤怒与复仇的同时，也激起了迪迦奥特曼沉睡的力量。在这一系列事件的推动下，迪迦奥特曼与圆·大古能否携手共进，揭开远古秘密，对抗邪神的入侵？他们又将如何面对内心的挣扎与抉择，守护人类的和平与希望？
