1999年，一颗巨大的“流星”坠落在地球上。经过调查，人们发现这是一艘来自外星的宇宙飞船。为了修复它并弥补地球环境因坠落造成的破坏（同时掩盖这一事件），各国强权联手组建了统合政府，并将这艘太空船改装成全长1200米的超级战舰“马克罗斯”，并为其命名。随着时间推移，统合派与反统合派国家之间的矛盾日益激化，在长达十年的纷争中，“马克罗斯”的改造工作仍在进行。终于，在1982年的这一天，统合军为“马克罗斯”举行了下水典礼。然而，就在庆典当天，月球附近突然出现了大规模时空跳跃反应。同时，位于月球轨道上的外星舰队观测舰被“马克罗斯”主炮意外击中！局势紧张之下，统合军不得不展开反击，并让战舰升空启动，以转移敌方注意力。青年一条辉在这一系列事件中阴差阳错地坐上了统合军的战机，参与了这场突如其来的战斗。在此过程中，他救起了名叫林明美的少女，并与“马克罗斯”上的女军官早赖未沙产生了不解之缘。随着战斗的深入，“第一次宇宙大战”的序幕正式拉开。三条辉、林明美和早赖未沙之间的感情纠葛也逐渐成为影响战争走向的关键因素，最终将揭开人类命运的全新篇章。
