在1000年前的一场灾难之后，地球通过名为“Y”的神秘时钟匠留下的巨大机械装置重新焕发生机。这些装置被称为“时钟机关”，它们不断修复着这颗几乎毁灭的星球，让它得以延续生命。在这个末世背景下，吊车尾高中生见浦直人意外地与自动人偶琉珠相遇了。琉珠是“Y”遗留下来的自动装置之一，拥有独特的机械记忆和人性化的意识。与此同时，天才时钟匠少女玛丽也来到了这个世界。她对修复这些古老的机械有着深厚的热情，并且一直在寻找能够揭开“Y”之谜的关键线索。直人的生活因为遇见琉珠和玛丽而彻底改变，他被卷入了一场关于时间、命运与机械的冒险之中。在这个充满奇幻色彩的世界里，直人和玛丽携手合作，利用各自的技能修复着不断出现的时钟机关。然而，他们渐渐发现，这些古老的装置背后隐藏着更深层次的秘密——或许，“Y”并非单纯的人类，而是拥有超凡能力的存在。随着故事的发展，更多的谜团被揭开，直人、琉珠与玛丽之间的友情也在这个过程中愈发深厚。《时钟机关之星》不仅是一部充满机械美学的科幻冒险作品，它还探讨了时间的意义以及人性中的光明面。通过修复破碎的世界，主角们重新找到了生活的意义，并共同面对着即将到来的命运挑战。
