《少女爱上姐姐2～二人的ELDER～》讲述的是御門千早原本是一个才貌双全的女孩，但由于父亲作为外交官的种种非传统行为而陷入男性不信和人情冷漠的困境。这使得她在就读的高中中也难以融入群体，甚至一度到了不愿上学的地步。最终，在母亲妙子的坚持下，她不得不转学到母亲曾经就读过的圣應女学院，以“妃宮千早”的身份开始新的生活，并且还要戴上女装。在新学校里，千早遇到了曾经帮助过她的同学薰子，两人很快建立了深厚的友谊。随着千早逐渐融入校园生活，她那优雅的举止和出色的学业成绩引起了诸多学生乃至教职员工的关注与喜爱。与此同时，千早也在内心深处开始重新审视自己的情感世界，并逐渐对身边的朋友们产生了复杂的情感。整个故事不仅展现了千早在新环境中的成长与变化，还描绘了她在友情、爱情以及自我认知方面的心路历程。通过一系列生动有趣的情节安排，《少女爱上姐姐2～二人的ELDER～》为观众呈现了一个充满温馨与感动的少女世界。
