故事发生在1999年世纪之末，一所位于深山之中的私立学校——超自然学院，因频繁发生的灵异事件而闻名。新任校长神代玛雅（日笠阳子配音）虽然坚信超自然现象不存在，但她来到这里的真实目的却是调查父亲里奇的死因。然而，她在入学的第一天就遇到了一个名叫内田文明（水岛大宙配音）的神秘男子。内田声称自己来自2012年，这个突如其来的信息让玛雅十分震惊。为了验证他的身份，两人开始了一段充满冒险的探索之旅。随着故事的发展，玛雅逐渐意识到内田并非普通的人类，而是拥有特殊使命的时间旅行者。他回到过去是为了阻止一场即将到来的巨大灾难。在一系列不可思议的经历中，玛雅和内田的关系也悄然发生了变化。他们不仅要解开超自然现象背后的秘密，还必须面对时间的考验，共同寻找拯救未来的办法。《世纪末超自然学院》不仅是一场关于解谜与冒险的故事，更是一部探讨爱、牺牲以及对抗未知力量的作品。
