在宇宙世纪0079年，地球联邦与吉翁公国爆发的一年战争进入尾声时，位于第四空间殖民地穆奥的抵抗者们遭遇了吉翁军的毁灭性打击。无数的太空残骸和被击沉的战舰遗骸布满了这片危机四伏的区域，使它成为了充满雷电闪现的“雷霆宙域”。在这片废墟中，由幸存穆奥居民组成的地球联邦军队——穆奥同胞团，誓言要夺回他们的故乡。而吉翁军则派遣了以获取义肢战士战斗数据为目的成立的“活死人师团”，试图阻止联邦军的进攻。年轻的穆奥同胞团成员伊欧·弗莱明和失去双腿、如今在活死人师团中担任顶级狙击手的达里尔·罗兰，在战场上不期而遇。他们之间的对抗不仅仅是敌我之分，更深层次的是他们对过去回忆的不同态度——伊欧渴望回归故土，而达里尔则因过去的战斗经历而对束缚自身的传统产生反感。两人在激烈的交锋中逐渐认识到彼此的内心挣扎，并意识到，他们的命运可能早已注定。《机动战士高达：雷霆宙域》不仅是一场关于生存与复仇的故事，更是两位主角探索自我、面对过去与未来的旅程。
