在宇宙世纪0096年，地球圈迎来了短暂的和平。然而，这样的宁静并未持续多久，因为在工业殖民地“工业7号”上，一场秘密交涉悄然展开。比斯特财团，背后被猜测为地球联邦政府操控的秘密组织，决定将最高机密“拉普拉斯之箱”交给新吉恩残党的袖付军，意图以此来维护自己的利益。与此同时，在安纳海姆工业专门学校就读的少年巴纳吉·林克斯邂逅了自称奥黛丽·本的少女，实为旧吉恩公国次子多兹鲁·扎比的女儿美耐巴·扎比。美耐巴决心阻止新的战争爆发，她必须成功完成“拉普拉斯之箱”的交易。在协助她的过程中，巴纳吉与这位充满神秘色彩的少女之间逐渐产生了深厚的情感。随着地球联邦政府察觉了这场交易并发起军事干预，“工业7号”瞬间变成了一片废墟。在这场危机中，巴纳吉和同伴们不仅要躲避追捕，还要寻找奥黛丽的身影。在此期间，奄奄一息的卡迪阿斯·比斯特向巴纳吉揭露了自己的身世，并将能够开启“拉普拉斯之箱”的钥匙——“机动战士高达独角兽”交给了他。最终，围绕着这个充满谜团的“拉普拉斯之箱”，一场关乎命运与未来的战争即将拉开帷幕。在这个过程中，巴纳吉和奥黛丽之间的情感纠葛也将逐步揭晓，引领观众进入一段扣人心弦的科幻冒险旅程。
