继《迪迦奥特曼剧场版：最终圣战》之后的1997年，火星移民计划正式启动，人类逐渐迁徙至火星及其他未知领域。为了应对新环境带来的挑战与机遇，原GUTS组织升级为SUPERGUTS，承担起维护宇宙和平的新使命。七年时光匆匆流逝，人类文明迎来了飞速的发展，太空探索成为新的时代主题。在这个充满希望的背景下，人们满怀憧憬地向宇宙深处进发。故事聚焦于主人公飞鸟信，他是已故宇航员飞鸟一马的儿子。飞鸟信曾与父亲约定，在某日返回地球参加一场重要的棒球比赛。然而，当他从GUTS长官戴民那里得知噩耗时，一切都已经晚了——父亲在执行最后一次太空任务中牺牲。为了继承父志并完成他未竟的梦想，飞鸟信加入了新的SUPERGUTS组织。随着剧情的展开，飞鸟信不仅要面对失去父亲的巨大悲痛，还面临着各种前所未见的强大敌人和未知挑战。在这个新领域时代，勇敢与智慧将共同引领他揭开宇宙中隐藏的秘密，同时找到自己的使命所在。
