在1969年，月球最高监狱中曾关押着一名危险的外星罪犯——伯格罗多星人鲍里斯。他在狱中因一桩恐怖事件被年轻的K（乔什·布洛林 饰）砍断了一只手臂，并被送入了高安全级别监狱。然而，这位狡猾的外星人最终越狱成功，并计划回到1969年完成他未竟的心愿——杀死K。与此同时，在地球上任职多年的黑衣人特工J（威尔·史密斯 饰）与搭档K（汤米·李·琼斯饰）正忙于处理各种因外星生物引发的混乱。然而，一场突如其来的危机打破了他们平静的生活：K神秘失踪，A网（反外星犯罪组织）也消失无踪。原来，在40年前，鲍里斯已经成功地刺杀了K，并摧毁了A网。面对即将来临的大规模外星人入侵，J意识到必须跨越时空，回到过去改变历史。在他的努力下，他不仅要阻止鲍里斯的阴谋，还要修复与K之间的信任，重新建立起A网的核心力量。在一系列惊心动魄的时间旅行中，J将如何守护地球的安全？黑衣人的故事，再次迎来高潮迭起的一幕。这部电影不仅是一部科幻冒险片，更是一段关于友情、牺牲与救赎的故事。
