1959年的马塞诸塞州列辛顿威廉道斯小学迎来了一场特别的校庆活动。学生们被鼓励画出他们对未来的幻想，并将其密封在金属时间囊中埋入地下，计划50年后重新开启。然而，小女孩露辛达·安伯利（Lara Robinson饰）的行为显得不寻常，她在墙上用鲜血写下了神秘的文字，并警告了她的老师。2009年校庆日那天，孩子们挖出了那个沉睡了半个世纪的时间囊，里面竟只有一张纸条——上面没有图画，满是毫无规律的数字。好奇心驱使下，13岁的小男孩凯勒（Chandler Canterbury饰）开始探究这些数字的秘密。他的父亲约翰·莫瑞（尼古拉斯·凯奇饰），一名物理学家，夜以继日地分析这些奇怪的代码。经过不懈的努力，他发现这组数字隐藏着一个惊人的秘密：它们是过去50年间全球灾难的记录，每一个数字都对应了一次重大的自然或人为事件。更令人震惊的是，约翰还破译出接下来将发生的重大自然灾害的预测。随着这一发现，整个威廉道斯小学乃至全世界都在紧张中等待着2059年的最终揭晓。《神秘代码》不仅是一部科幻悬疑片，更是对人类历史与未来的深刻反思。
