《天然子结构》是一部充满自然与青春气息的电影。故事发生在静谧的木村，右田素夜（夏帆饰）在这里度过了她简朴而快乐的中学时光。这所混合学校仅有六名学生，年龄跨度大但大家关系融洽。然而，一切因转校生大泽广海（冈田将生饰）的到来而改变。他来自东京，个性鲜明且有些孤傲，与素夜的相处并非一帆风顺。夏季的一天，孩子们前往海边游玩时，广海坚持选择一条传说中充满灵异色彩的小径。在那里，一场突如其来的危机让素夜陷入了困境，幸得广海相助，两人之间产生了微妙的情感联系。随着时间推移，他们共同度过了许多难忘的时光，包括学校的节日庆典等。然而，家庭背景的差异为这段恋情蒙上了一层阴影。广海是村里前任邻居的儿子，这导致了他对大泽母亲情感复杂的态度，这也让素夜的父亲对他们的关系产生了误解与反对。在这些复杂的情感纠葛中，两人试图解开各自内心的谜团，并努力克服来自外部的各种阻力。最终，《天然子结构》不仅仅讲述了一段青涩而真挚的爱情故事，更反映了青春期少年少女们面对成长时所经历的挑战和困惑。通过细腻的情感描绘与深刻的人物刻画，影片不仅触动了观众的心弦，同时也为我们展现了一个关于爱情、家庭与自我探索的美好旅程。
