《兹山鱼谱》的故事发生于纯祖一年的朝鲜半岛。丁若铨（薛景求饰），一位曾经因辛酉迫害事件而远赴黑山岛的官员，在岛上开始了对海洋生物的独特探索之旅。他被岛上丰富的海底世界深深吸引，决心撰写一本关于海洋生物的书籍。这时，昌大（卞耀汉饰）——一个土生土长、深谙各种海洋生物特性的年轻渔夫进入了丁若铨的生活。起初，由于丁若铨的身份和过去的历史，昌大对他的到来持有戒心，不愿意提供帮助。然而，在一次偶然的机会下，丁若铨得知了昌大的困境：他自学识字遇到了不少困难。两人因此有了交流的契机，最终决定互相帮助——丁若铨教授昌大学习文史知识，而昌大则分享自己丰富的海洋生物知识。通过这段学习之旅，两人不仅加深了对彼此的理解和尊重，还共同经历了许多有趣的冒险。然而，在一次意外中，丁若铨得知昌大的真正目的是为了仕途前程，这让他感到非常失望。尽管如此，他们依然保持了君子之交的距离与默契。最终，在一次壮丽的海洋生物观察旅程后，两人虽选择分道扬镳，但彼此间的友谊和知识共享成为了这段故事中最宝贵的财富。《兹山鱼谱》不仅是一段跨越身份界限的友情故事，也是对自然探索精神和跨文化理解的一次深情颂歌。
