在2012年的日本，一桩神秘的案件引发了国家高层的关注。御前会议上，各方要员围绕着“SIMPLE PLAN”展开密谋——这一计划旨在猎杀拥有特殊能力的SPEC持有者。然而，在执行过程中，一群政府成员竟突然在游艇上集体木乃伊化而亡，案件随即交由当麻纱绫（户田惠梨香饰）和濑文焚流（加濑亮饰）负责调查。二人追踪线索时接到了志村美玲（福田沙纪饰）的求救电话，并意外与濑文的前恋人青池里子（栗山千明饰）相遇。正当情况愈发复杂之际，原本已死去的阳太一十一（神木隆之介饰）突然现身。在阳太的影响下，普通人类与SPEC持有者之间的矛盾逐渐升级。与此同时，当麻对“法蒂玛第三预言”和未来走向感到困惑不已。在这个充满不确定性的时代，各种神秘角色如玛利亚、白衣教皇等开始浮现于历史的边缘，它们或明或暗地影响着事件的发展。随着黑暗力量渐渐逼近，一场关乎人类未来的重大对决似乎不可避免。在复杂的权衡与抉择中，当麻和美玲能否解开预言的秘密？他们又将如何阻止这场即将到来的灾难？这一切悬念都将在这部紧张刺激的影片中揭晓。
