清朝末年，国门紧闭之下，中国正面临着经济危机和内忧外患的双重困境。在这样的历史背景下，武术宗师黄飞鸿（马景涛饰）肩负起民族大义与家国情怀，在一次偶然的机会中错过了与十三姨（赵丽颖饰）的婚事。这对黄飞鸿来说无疑是情感上的沉重打击，但他并未因此放弃对十三姨的思念。最终，黄飞鸿决定前往上海寻回心爱之人，并找回遗失的墨龙图以证明自己的清白。在此期间，他与十三姨在上海相遇，后者已投身于外国同学皮特（李光洁饰）的怀抱之中。尽管皮特多年来对十三姨怀有深厚的情感，但他明白黄飞鸿才是她真正的归宿。然而，寻宝之路并非一帆风顺。在追寻墨龙图的过程中，黄飞鸿不幸卷入了上海黑帮之间的复杂争斗中，并因此陷入牢狱之灾。就在他最需要帮助的时候，十三姨毅然挺身而出，不仅为他洗清冤屈，还与黑帮势力展开了一段惊心动魄的较量。在经历了一系列波折后，黄飞鸿终于找到了墨龙图，同时也赢得了十三姨的理解和爱戴。《黄飞鸿之王者无敌》不仅是一部讲述武术精神与家国情怀的故事，更展现了乱世中的爱情与正义。
