19世纪的维多利亚时代，大英帝国在海上横行霸道，但海盗们依然肆无忌惮地挑战着女王的权威（伊梅尔达·斯汤顿配音）。其中有一只名为“神奇海盗团”的船队，其船长（休·格兰特配音）虽身怀绝技却常因手下人材稀少而备受嘲笑。在一次出海打劫后，这位船长遇到了曾经的对手——黑鬼贝拉（杰里米·皮文配音）和弯刀莉兹（萨尔玛·海耶克配音）。为了赢得年度海盗大赛冠军，并证明自己的实力，船长大胆地决定前往伦敦参加一年一度的科学家大会。谁知在这一过程中，他意外结识了一位名叫达尔文（大卫·田纳特配音）的生物学家。这位生物学家偶然间发现了一个惊人的秘密——船长竟拥有一只渡渡鸟作为宠物！这不仅打破了达尔文关于渡渡鸟早已灭绝的论断，更使船长得以通过展示这一珍贵的标本，在伦敦科学界一举成名。然而，随着参赛日期临近，船长和达尔文面临着种种挑战：既要对抗那些觊觎冠军头衔的老对手，又要克服自己内心的恐惧与怀疑。最终，“神奇海盗团”能否赢得科学家大赛，并在海洋上重振旗鼓，成为一段充满惊喜与未知的冒险旅程。
