明朝成化年间，奸邪当道，朝纲腐败。东厂与西厂由宦官掌控，黑白混淆，陷害忠良之事层出不穷，整个朝廷内外一片噤若寒蝉。在这险恶的环境下，流亡剑客赵怀安（李连杰饰）挺身而出，连续铲除了东厂多名奸佞之人，使得阉党们人人自危。然而，西厂督主雨化田（陈坤饰）却野心勃勃，决意要清除所有阻碍他的敌人。与此同时，宫女素慧容（范晓萱饰），怀有身孕，为了保护腹中的孩子，她逃亡到了关外。在逃亡的途中，她险象环生，幸得神秘侠客凌雁秋（周迅饰）相救，并一同前往龙门客栈暂避风头。龙门客栈自古便是险地，充满各种未知与危险。此时此刻，雨化田的手下紧追不舍，最终在龙门客栈周围布下了天罗地网。而与此同时，蒙古商队也在此歇脚，使得局面更加复杂。更令人意想不到的是，在此期间，一位外表与雨化田极为相似的男子——卜仓舟（陈坤饰）与女侠客顾少棠（李宇春饰）突然投宿龙门客栈。赵怀安一行人也在暗中调查真相，最终在龙门客栈内展开了一场惊心动魄的对决。在这个风起云涌的时代，正义与邪恶之间的较量愈演愈烈，而龙门客栈似乎成为了决定一切的关键所在。
