圣诞之夜，卡森共和国水企业和哈里曼达拉公司签订协议的大厦门外，聚集了无数声讨抗议的群众。然而，就在此时，担任护卫的警察机动部队突然掏枪对示威人群展开无差别屠杀，现场血肉横飞、惨不忍睹。这起血腥恐怖事件的背后，隐约浮现着一种名为“火种”的神秘病毒。在与不明敌人的对决中，草薙素子（坂本真绫配音）和独立机动部队的同伴们救下了一名全身义体的少女津田艾玛（茅野爱衣配音），她身上似乎隐藏着利用虚拟记忆进行恐怖活动的事实。正当公安9课课长荒卷大辅（塾一久配音）决定将艾玛交给陆军情报部穗积上校（庆长佑香配音）时，却遭到了拒绝。荒卷命令草薙护送艾玛至501机关接受调查。在这个过程中，草薙不仅发现了艾玛体内两个灵魂的存在，还触及到政府、军方掩盖的黑暗真相。然而，在这一系列事件中，一个更大的阴谋正在酝酿，草薙和她的同伴们能否揭开真相，阻止一场即将到来的危机？
