《深夜书店3之灵魂伴侣》讲述了道士陆十一接手一家深夜书店后，面对现代人偏爱电子读物的挑战，逐渐陷入困境。一日，他无意中放出了《倩女幽魂》中的书灵，这些书灵开始吸取人间精华，对人间造成了巨大威胁。与此同时，流氓刘铭利用网络诈骗的方式，将自己姐姐的照片用作游戏网恋骗术，成功迷惑了书店员工李晨宇，并从中获取游戏装备。在这场纠葛中，书中人物小倩化身为刘铭的姐姐，与李晨宇产生了深厚的情感联系。而刘铭则因沉迷于游戏中对“姐”人设的痴迷，不幸被书中的姥姥吸取精华。为了解救陷入困境的人们，陆十一不断探索，并逐渐发现姥姥身边的随从似乎与他未入道前的恋人小蝶颇有相似之处。在经历了一系列考验后，陆十一最终说服了书中的人物小倩回归故里，但姥姥并不甘心失败，她设下重重险阻。关键时刻，姥姥使出浑身解数欲将陆十一困住。然而，在这场斗法中，陆十一凭借智慧和勇气化解危机，最终找到了对抗姥姥的关键所在。这部电影融合了奇幻与现实元素，不仅为观众带来紧张刺激的冒险故事，同时也探讨了人与书、人性之间的复杂关系。
