《医妃难囚 第二季》的故事背景设定在一个奇幻与现代交织的世界中。冥王凌霄与冥后纤云的爱情故事在冥王府的温馨氛围中缓缓展开。两人经历了千年的相恋，最终在洞房花烛夜迎来了幸福的时刻。然而，就在婚礼当天，纪纤云却突然穿越到了现代世界，她醒来时发现自己正坐在校园的摇椅上。与此同时，冥王凌霄也意外地来到了这个充满奇异景象的时代。当纪纤云匆忙赶往学校准备考试时，她遇到了一个似曾相识的身影——那是穿着现代服装、自称凌霄的人。然而，周围的人都不认识他，并且惊讶于他的古装造型。凌霄在寻找纤云的过程中，不断遇见身穿现代服饰的端木寒和西风，他们都否认认识凌霄，让他感到困惑与无奈。与此同时，纪纤云在校园里遇到了那个让她记忆犹新的“凌霄”，却惊异地发现他并不认得她。正当两人惊讶之时，真正的冥王凌霄出现了，叫出了纤云的名字。这一刻，纪纤云意识到，这个世界上不仅有自己思念的人，还有另一个她从未预想到的版本。这一场穿越时空的奇遇，让两人的命运交织在现代与古代之间，他们不仅要面对未知的挑战，还要解决彼此之间的误会，寻找回到对方世界的方法，同时也解开了一些隐藏已久的谜团。《医妃难囚 第二季》以奇幻的爱情故事为线索，融入了悬疑、穿越和现代元素，讲述了一段跨越时空的情缘，展现了一个既浪漫又充满惊奇的故事。
