明永乐年间，正值大明朝国泰民安、风调雨顺。在京城中，平一姑携子平常与浪子王九四处行医。两人靠一些低劣的骗术维持生计，然而命运的齿轮悄然转动，王九因一次意外失去了心爱之人芍药，自此心中再也无法释怀。正当他们挣扎于民间生活之时，段天命以其独特的手段向平一姑施压，使她不得不暂时远离儿子平常。殊不知，这竟是一个重大的转折点——原来，平常竟是被错抱的医神金农匮之子！他不仅继承了父亲的医术，更掌握了一套不为人知的秘方。在这样的背景下，平常与农草堂一同参加了太医院的选拔考试，并顺利通过。然而，平常内心始终怀念着自由自在的市井生活。另一边，王九则与房东盈不足日久生情，在得知妻子去世的消息后，他更加深陷哀伤之中，心中始终难以放下亡妻芍药。随着剧情的发展，一姑最终选择与儿子相认，并帮助平常重拾医术之魂，而王九也在平庸的生活中重新寻找到属于自己的爱情。《皇朝太医》不仅是一部关于医者仁心的故事，更是一段关于亲情、爱情与自我救赎的传奇篇章。
