在正德十六年，武宗驾崩后朱厚熜即位，李言闻被授予太医院吏目。好友吴药师因误治小郡主的病情而被捕入狱，在生命的最后一刻，他将女儿吴斯语托付给了李时珍。多年后，李时珍进入阳明书院深造，并与荆王府世子朱成翊结为同窗。尽管朱成翊试图拉拢李时珍加入他的计划，但李时珍坚决拒绝了这一提议，两人因此成了死对头。一次偶然的机会，李时珍救治了一位名叫朱苌葶的少女，她的真实身份竟是荆王府的郡主。经过长时间的相处，李时珍与朱苌葶产生了深厚的感情。然而，在赶考途中，李时珍被诬陷舞弊而被迫退场，这让他深感心结郁积并病倒。朱成翊得知此事后，派手下买通主考官，再次制造了李时珍的困境。在救急时刻，吴斯语挺身而出，进入荆王府救治朱苌葶，并最终与李时珍喜结连理。然而，在修本草的过程中，两人经历了诸多波折和挑战。嘉靖皇帝为了长生不老服食丹药导致病情加重，而李时珍因被陷害入狱，在严嵩父子的操控下更是险象环生。在朱成翊遇害后，真相逐渐浮出水面，同时李时珍也在蕲州找到了《本草纲目》编写的灵感。经过无数次试药与实地考察，《本草纲目》终于编写完成，并最终献给了万历皇帝。尽管经历了种种困苦，李时珍依然完成了他的使命，他的著作不仅在中国流传广泛，在日本、朝鲜等国家也产生了深远影响。在他的不懈努力下，“天花”得到了有效控制，而他本人也在最后的时刻看到了《本草纲目》被进奉给神宗的情景。
