《菩提树下》是一部以清朝末年为背景的电视剧。故事发生在淮河流域，瘟疫肆虐之际，龙大爷与方秀才结伴赴疫区施医治病。然而，在救治过程中，他们发现此疫并非自然天灾，而是由龙二爷联手大奶奶精心策划的人祸。为了掩盖真相，龙二爷不仅将胞兄杀害，还嫁祸于方秀才。而方夫人在逃亡途中因错抱了龙二私生子，导致两家后代命运交织。数年后，龙家后代被关家收养，并取名厚朴（钟汉良饰），他成长于悬壶济世的医学世家，慈悲为怀。与此同时，方家长子舞笙（刘恺威饰）则因娇惯成为纨绔子弟。二人在机缘巧合下产生爱慕之情，而镜心（吕一饰）也对厚朴情有独钟。剧情逐步展开，龙家后代莲生（杨蕊饰）暗恋着厚朴。两人虽青梅竹马，但莲生并不知晓厚朴的身世。随着故事深入，方秀才妻子的归来揭开了一切真相，她誓要为死去的冤魂讨回公道。在这一过程中，龙、关两家经历了重重考验，最终面对命运，探索了爱与救赎的真谛。
