《医妃难囚 第三季》的故事再次展开在东临与南炎两国的复杂关系中。兰若溪为了拯救东临危机，化身为暗卫潜入敌国，并成功救出热布风巽。然而，这一行动却使她陷入了险境，被南炎世子热布哈迪误认为叛贼，面临问斩之祸。幸亏太医束手无策，唯有兰若溪的高超医术能解此危急。在这段日子里，兰若溪与热布哈迪之间产生了微妙的情感变化。南炎世子逐渐被她独特的个性所吸引，而东临太子亓凌霄为了营救兰若溪，易容成侠医顾西风潜入南炎。在兰若溪的建议下，亓凌霄决定先陪她治疗热布风巽，这一举动不仅使他与热布哈迪针锋相对、展开了激烈的竞争，同时也为他们的感情埋下了伏笔。同时，楼塞公主倾城怀恨在心，与影卫团联手策划阴谋，企图挑拨南炎与东临之间的关系，制造战争。面对如此紧迫的局面，在兰若溪和热布风巽的帮助下，亓凌霄和热布哈迪摒弃前嫌，化敌为友，共同揭露了楼塞的阴谋并成功将其挫败。最终，热布哈迪为了成全他们的感情，做出了巨大的牺牲，而兰若溪与亓凌霄的爱情也在经历了一系列波折后得以圆满。这场关于医术、爱情与忠诚的故事，展现了人性中最真挚的情感和无畏的勇气。
